Dado a conocer oportunamente el procesamiento con prisión del General Gregorio Alvarez. Y transcurridos casi dos años de su ingreso al establecimiento penitenciario de la calle Domingo Arena, un viejo cuartel militar adaptado a prisión especial, del barrio Piedras Blancas, finalmente en vísperas del día 18 de julio -fecha patria que recuerda la Jura de la Constitución de la República Oriental del Uruguay- la Fiscal Mirtha Guianze dio a conocer su propuesta condenatoria, dirigida al Juez de la causa quien podrá aceptarla o rechazarla.La Fiscal Mirtha Guianze ha señalado en su propuesta “en la especie, no cabe duda, a mi juicio, que la actuación de los efectivos militares intervinientes, así como la de sus mandos naturales, se dio en el marco de un designio marcado de antemano. La distribución de roles, más allá de obvias diferencias derivadas de la jerarquía del cargo y de las órdenes superiores, estuvo sujeta a las necesidades de los operativos”“Gregorio Alvarez era comandante en jefe del Ejército y se manejaba en las más altas esferas de decisión. La imposición del máximo está plenamente justificada .Su actuación se pondera en un contexto en el que este tipo de actividades se realizaban dentro de un plan sistemático de represión, llevado a cabo durante la última dictadura militar, en un Estado terrorista, para el que las garantías individuales y el propio destino final de las personas quedaban libradas al exclusivo arbitrio de quienes manejaban el aparato de poder”
En la propuesta condenatoria se agrega además que Alvarez “ estaba informado; hay constancia de que se le remitían copias de todos los partes y él mismo emitió la conocida resolución 7777/78, en la que asumió explícitamente la responsabilidad por las violaciones a los derechos humanos que se hubieran registrado”.
La Fiscal Guianze indicó además, que “la responsabilidad de Alvarez se funda entonces en el criterio de “ejecución conjunta” en cuanto “tiene que ver con el designio superior de los mandos, la cooperación institucional, mientras se ejecutaban los hechos ilícitos y la cobertura que se aseguraba previamente, a la sombra de la cual operaban los ejecutores inmediatos”
Cabe agregar que el dictamen de la Fiscal solicita además la condena a 22 años de prisión al marino Juan Carlos Larcebau, bajo la misma imputación, pero por 31 personas. La pena del marino resulta menor “por cuanto difiere su situación por su inferior ubicación jerárquica”. Guianze especificó en este sentido que el militar de la Armada Nacional Larcebeau “ejecutó actos consumativos de los delitos en muchas oportunidades; fue visto en el Uruguay, en el local del Fusna (Fusileros Navales) como tenaz interrogador y torturador; viajaba habitualmente a Argentina y se desempeñaba en los lugares de reclusión de ambos países en cumplimiento de esos designios trazados”En el dictamen de la Fiscal , precisamente Guianze considera “plena y legalmente probado que entre los meses de junio de 1977 y mayo de 1978” unos 35 ciudadanos uruguayos fueron “violentamente secuestrados –en Buenos Aires- por fuerzas represivas compuestas por efectivos uruguayos y argentinos” y “ sometidos a tormentos y tratos inhumanos degradantes”
“Los interrogatorios a los presos se hicieron sistemáticamente bajo tortura, con un plan estructurado dirigido a quebrarlos física y moralmente en el menor lapso posible. Posteriormente algunos de ellos fueron trasladados clandestinamente a nuestro país o a otros sitios, con rumbo desconocido, ignorándose hasta el presente cual fue su destino final” se precisa en el dictamen de la Fiscal Guianze.
Al mismo tiempo la Fiscalía incluye dentro del pedido de condena la desaparición de dos ciudadanos argentinos secuestrados en Montevideo “por un grupo de hombres armados” y trasladados “clandestinamente a Argentina, seguramente por lancha”.
Los periodistas que se han especializado en la información relacionada con todos estos hechos coincidieron en señalar que el dictamen de la Fiscalía corroboraría la estrecha vinculación entre losaparatosrepresivos de Argentina y Uruguay,con la participación de oficiales uruguayos en la otra orilla y la llegada a Uruguay de oficiales argentinos “incluso del propio Almirante Massera”. 
A propósito la Fiscal Guianze ha dicho en su dictamen que “la globalidad del operativo se extrae no solo de las coincidencias en fechas, sino de la actuación conjunta y combinada de argentinos y uruguayos, buscando detener a personas vinculadas entre sí por razones de militancia, sin perjuicio de que se hayan llevado –y luego desaparecido- también a familiares de aquellos que ocasionalmente se encontraban en el lugar”.
Vale entonces precisar, que el ex dictador Gregorio Alvarez , en diciembre del año 2007, fue procesado por la desaparición forzada de unos 30 uruguayos, que se estima fueron traídos al Uruguay desde la Argentina.
Se puntualiza además que la Fiscal Guianze entiende: “tengo presente que presumiblemente ese criterio –el del dictamen respecto a los 25 años de condena a Alvarez- no será recibido “ pero “esa circunstancia no impide que esta Fiscalía insista en su posición inicial, por una razón de honestidad intelectual. No encontrar el cadáver, no saber en definitiva cómo sucedió ese asesinato, tolerar estrategias de ocultamiento, y hasta mentiras desembozadas, es lo que perfila la diferencia con el homicidio” al mismo tiempo que es un “delito permanente”.
El episodio de “propuesta condenatoria” respecto al auto de procesamiento del militar Gregorio Alvarez se inscribe dentro de un contexto de resoluciones judiciales que se registraron durante la administración del gobierno del Frente Amplio, administración iniciada en marzo de 2005, período en el que además de procesarse a Alvarez y a Larcenbau –permaneciendo prófugo el ex militar de la Armada Nacional Jorge Trócoli- fueron encarcelados otros militares, policías y civiles, con destacada y desgraciada participación durante la dictadura militar, tal el caso del ex presidente Juan María Bordaberry, sobre el cual pesa la acusación de tener responsabilidad en los homicidios de los legisladores Zelmar Michelini y Héctor Gutiérrez Ruiz, hechos ocurridos en Buenos Aires, en el mes de mayo de 1976. Estos procesamientos de militares, policías y civiles, en el Uruguay -por delitos de violación de derechos humanos- pudieron concretarse una vez que el presidente de la República Tabaré Vázquez decidió excluir algunos casos de la Ley de Caducidad, establecida en el año 1986 ,la que fue confirmada y ratificada por toda la ciudadanía en 1989 a través de un plebiscito, que impedía juzgar a militares y policías que durante la dictadura cometieron delitos violatorios a los derechos humanos.
Una apreciación, que recabó oportunamente un periodista del semanario Búsqueda, del dictador Gregorio Alvarez, durante su reclusión en la cárcel de Piedras Blancas, resulta verdaderamente asombrosa y oprobiosa para su propia persona: en la entrevista, Alvarez dijo que tenía la conciencia “limpia” como militar y como gobernante; y en relación al traslado clandestino de prisioneros desde la Argentina al Uruguay –donde habrían sido ejecutados y enterrados en unidades militares- sostuvo enfáticamente :” si los hubiera traído yo, si los aviones y barcos en que vinieron dependieran de mí, sería responsable. Pero yo no tenía ni barcos ni aviones”. También dijo desconocer “en absoluto” el Plan Cóndor –operativo represivo de coordinación de las dictaduras del Cono Sur- precisando finalmente que tuvo conocimiento del mismo “a través de la prensa”
Por último, se consigna que el procesamiento de Alvarez se relaciona estrechamente por su responsabilidad en el secuestro de 21 integrantes del Grupo de Acción Unificadora de Uruguay (GAU) , grupo izquierdista que tuvo su participación en el movimiento de lucha contra la dictadura militar, durante los años 1977 y 1978.
Según la publicación del diario La República, el dictador Alvarez fue procesado por la “desaparición forzada” de : José Enrique Michelena, Graciela de Gouveia,Daniel Alfaro, Luis Fernando Martínez, Alberto Corchs Laviña, Elena Lerena, Edmundo Sabino Dossetti, Ileana García, Alfredo Bosco, Julio César D Elía, Yolanda Cusco, Raúl Borrelli, Guillermo Sobrino, María Antonia Castro, José Mario Martínez, Gustavo Goycochea, Graciela Basualdo, Gustavo Arce, Raúl Gambaro, Atalivas Castillo, Miguel Angel Río Casas, Eduardo Gallo , Aída Celia Sanz, Elsa Fernández, María Asunción Artigas, Alfredo Moyano, Juvelino Carneiro Da Fontoura, Carolina Barrientos, Carlos Cabezudo, Célica Gómez, Ary Severo Barreto, Beatriz Alicia Anglet De León, Jorge Hugo Martínez Horminoguez, Carlos Baldomiro Severo Barreto, Marta Severo Barreto, Claudio Logares y Mónica Grispón de Logares.