El 14 de agosto de 2007, el pleno de la Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) determinó limitar su actuación en investigaciones que se realicen con motivo de las violaciones graves a las garantías individuales, como en los conflictos en Atenco, Oaxaca y el de la periodista Lydia Cacho con el Gobierno de Puebla. Los ministros acordaron no recomendar castigos para funcionarios inmiscuidos en las indagatorias, en virtud de que el artículo 97 constitucional los faculta solamente para describir los hechos y señalar a los responsables de los acontecimientos que se les pida investigar, pero sin recomendar algún tipo de sanción. Esta resolución beneficiará al gobernador de Puebla, Mario Marín Torres, porque la Corte no podrá recomendar que se le inicie un juicio político.
El 23 de septiembre, el Congreso de la Unión de México dio su respaldo el dictamen elaborado por Juan N. Silva Meza, magistrado de la Suprema Corte de Justicia de la Nación, en el que se atribuye responsabilidad de Marín en el caso de las violaciones de las garantías constitucionales de la periodista Lydia Cacho. Este dictamen fue presentado el 26 de junio de 2007 en la Suprema Corte, y sólo fue apoyado directamente por los ministros Genaro Góngora Pimentel y Sergio Valls-Hernández; en tanto que el resto de los miembros del tribunal aplazaron su posición respecto al dictamen hasta que aquellos a los que implica se pronuncien sobre el mismo, así como a la creación de un reglamento para abordar los temas de Puebla y Oaxaca.
El 29 de noviembre de 2007, Por seis votos a favor, los diez ministros de la SCJN acordaron desestimar el dictamen elaborado por el ministro Juan N. Silva Meza, al considerar que no hubo violación grave a los derechos individuales de la periodista Lydia Cacho.
El ministro presidente Guillermo Ortiz Mayagoitia reconoció la existencia de actos indebidos en la aprehensión y traslado de Lydia Cacho desde Cancún a Puebla, pero los mismos no adquieren el calificativo de graves para el efecto del amparo.
La resolución de la SCJN ha traído como consecuncia una serie de manifestaciones por la presunta parcialidad de su resolución, pareciera evidente una negociación de fuerzas políticas entre el PRI y el PAN para proteger a gobernadores priístas que han incurrido en escándalos (como también lo fue Ulises Ruíz), esto con el fin de mantener una ventajosa alianza política. De ser verdadero dicho argumento, sería de lamentar la ruptura de división de poderes, siendo la SCJN un paladín de decisiones basadas en negociaciones partidistas y no bajo el estricto apego a derecho.
La presunta negociación de los partidos PRI-PAN para la protección de los gobernadores Mario Marín y Ulises Ruiz fue desementida por el presidente Calderón, así como por Mario Marín.
El hecho los seis ministros de la Corte que fallaron a favor de Marín es preocupante y sospechoso por cualquier lado. A lo largo de los meses se dio la disputa de los ministros entre dos posiciones encontradas: por un lado, la defensa a ultranza de Marín por parte de Aguirre Anguiano, Mariano Azuela y el presidente de la corte Ortiz Mayagoitia (“marinistas”). Por el otro lado, varios ministros, entre ellos, Silva Meza y Góngora Pimentel, entendieron que este caso significaba mucho más que los derechos individuales de una periodista y que lo que estaba a discusión eran las redes de crimen organizado a favor de la pederastia que Lydia Cacho había puesto en evidencia con su libro Los Demonios del Éden. Sorpresivamente las ministras Olga Sánchez Cordero y Margarita Luna Ramos, cambiaron su dictamen, cuando dos días anteriores a la votación se habían manifestado de manera diametralmente opuesta y habían respaldado las investigaciones realizadas por Silva Meza.
Todo parece indicar que la resolución de la corte saltó del plano jurídico a una consideración de “Estado”. O dicho en plata pura, a un arreglo político. Ya parecía suficientemente sospechoso que se hubiese retrasado el fallo de la corte hasta después de las elecciones del mes de octubre de 2007 en Puebla. Trascendió que el gobierno federal de Calderón había solicitado al PAN que sus candidatos en Puebla no hicieran campaña mencionando al góber precioso y el caso Lydia Cacho. En julio de 2006 Calderón ganó en una Puebla gobernada por Marín y en octubre de 2007 Marín arrasó en las elecciones de Puebla con Calderón como presidente.
En diciembre de 2007, el tribunal fallo a favor de Mario Marin, pues se encontró que las pruebas fueron hechas y no grabadas de la conversación original.
